Орден на страже здоровья


Автор изображения

Данным постом Орден Селестии официально призывает всех неравнодушных принять участие в улучшении сложившейся эпидемиологической ситуации путем предоставления своих вычислительных мощностей проектам распределенных вычислений, среди коих можно выделить следующие:

Нашим Орденом совместно с братьями-паладинами из Ордена Луны была создана команда, к которой мы призываем присоединяться всех желающих.


Результаты работы folding@home по COVID-19 можно смотреть в новостной ленте на официальном сайте, в официальном твиттере, а также в твиттере профессора Грега Боумана (Greg Bowman). Обзорную публикацию по результатам rosetta@home можно найти здесь, а за текущими обновлениями можно проследовать на официальный твиттер или доску сообщений.

Также не лишним будет перечислить прочие проекты, занимающиеся биологической и медицинской проблематиками:
  • GPUGrid (платформа BOINC, вычисления на CPU и GPU, долгосрочные исследования, с COVID-19 не связанные).

Внимание! Длительное использование для вычислений 100% мощности процессора и/или видеокарты может привести к нежелательному нагреву составных частей ПК. Клиенты поддерживают настройку ограничения количества используемых ядер/процессоров и используемого процессорного времени.

По возникшим вопросам о проектах, работе клиентов и прочем можете обращаться ко мне в комментариях.

Да пребудут с нами Сёстры. Аве.

Исходники и копирайты материалов, использованных при создании баннераЛоготип POINC основан на логотипе BOINC и аналогично оригиналу распространяется под лицензией GNU Free Documentation License 1.2 или более поздней.
Компьютер, на который смотрит Твайлайт, основан на ее же компьютере из эпизода «Pinkie Sense». Скачать оригинал в формате .svg можно тут. Распространяется под лицензией CC BY-NC-SA 3.0.
Твайлайт взята отсюда.

66 комментариев

Аве!
gelirhil
+5
Ага, сейчас много мощности именно на корону переброшено
KerHarrad
+6
Кстати, у кого ноуты ставьте ограничение на количество процессов.
Irbis
+3
На стационарном системнике тоже пришлось ограничить до 80%. Иначе кулер воет ощутимо громко и спать под такое не получится.
Проц конечно старенький (Q9550 Core2Quad 2.8GHz) и не особо быстрый, но зато включен 24/7.
Darkseer
0
И они хотят чтобы я давал свои мощности за бесплатно?
Andrelyx
-1
В теории есть монеты Gridcoin (выдают за очки BOINC) и Curecoin (за очки Folding@home). Насколько они окупают хотя бы электричество и насколько они легальны в конкретной стране — вопросы совершенно отдельные. И да, работа с Gridcoin не позволит быть в нашей команде.
gelirhil
+2
И курс пока небольшой хоть инвестируй, но во всю эту криптовалюту не охото лезть. За инфу спасибо.
Andrelyx
0
за тортики
Xway
0
Спасибо нет. Вкусные тортики давно не видывал.
Andrelyx
0
… Но я во имя Селестии и Луны уже считаю проекты вселенского масштаба (Einstein@home, Cosmology@home, LHC@home, Asteroids@home и Milkyway@home) и царицы наук (RakeSearch). Так можно? =) Ибо одно дело великие небесные светила, а другое дело жизни «лысых обезьян по ту сторону портала, погрязших в игнорировании дружбы», как мне сказали в канцелярии Лучезарнейшей. =)

Если серьёзно, то эти проекты я считаю не в последнюю очередь потому, что они запускаются под Linux, и соответственно, могут крутиться в качестве нагрузок на эльбрусах, коих у меня две машины из четырёх на аккаунте. Под RakeSearch их разработчик даже собрал официальное приложение для Эльбруса-8C. Впрочем, я сейчас глянул — Folding@home вообще не BOINC-приложение, а вот Rosetta@home имеет приложение для Linux, так что есть смысл его тоже погонять. Кстати, есть ли у них исходники для режима анонимной платформы? Хотелось бы в нативном режиме запустить.

UPD: Хм, приаттачился, только вот заданий мне чёт не выдали от слова совсем, ни на одном из трёх компов.
makise_homura
+3
Изменён автором
То, что задания на розетту не приходят, объяснимо — у них шедулер лежит http://boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php. Нищие учёные, что с них взять. Сорцы у розетты таки доступны https://www.rosettacommons.org/software/.
Ну а что касается небесных светил и жизней лысых обезьян — крайне сомневаюсь, что Вам могли так ответить. В конце концов, после обретения бессмертия на изучение великих светил будет целая вечность.
gelirhil
+2
у них шедулер лежит
Лол. Тайпикал BOINC-проект, в самом деле, всегда что-то идёт не так: то шедулер лежит, то задания не проверяются, то вообще хостер серверов (НИИСИ РАН) без спросу выключает сервера и, судя по всему, забирает себе, как было с Acoustics@home.
Сорцы у розетты таки доступны
О, отлично! Пойду попробую покомпилить =)
В конце концов, после обретения бессмертия на изучение великих светил будет целая вечность.
А после того, как люди вымрут — тоже, так чего же теряет эквестрийское научное сообщество? =)
makise_homura
0
Годное дело.
VIM
+2
Про Коронавирус у Rosset'ы пока ничего. Подключился к WorldCommunityGrid, считаю совсем не хайповый детский рак. Well, тоже должно кому-то пригодится, наверное =)
chelovekbeznika
+3
Можете вступить в команду и в WCG, чего статистике пропадать. К тому же IBM подняло себе веки и скоро тоже начнет бороться с пандемией.
gelirhil
+3
Изменён автором
Норм, только что пачку задач по Ковиду раздало, живём =) А для WCG я буду считать, если уже ничего от Розетты не будет.
chelovekbeznika
+2
Изменён автором
О, да, есть такое, на BOINCstats теперь уже не нули в количестве выданной работы =)
makise_homura
+1
Спасибо за инфу. Присоединился в рейд к вычислениям. :)
Пачка заданий по ковиду уже пришла.
afan
+3
Изменён автором
комментарий скрыт
Саша, тут попрошу по хорошему. Просто уйди. Пожалуйста.
Irbis
+6
Изменён автором
Спокуха! Щас его уйдём! :)
Angelripper
+5
Миллиарды нафармленных ЦЕРНом биткоинов!
Newlifer
+5
Изменён автором
комментарий скрыт
А Фраер то реально гнида… я думал просто недалекий чсвшный школотрончик… не… уже полноценная тварь выросла.
KerHarrad
+9
Несмотря на вот такие гнидские комментарии — команда продолжает расти в численности. Это хорошо.
Постараемся внести хоть какой-то посильный вклад в решение этой серьёзной проблемы.
Darkseer
+3
… а я вот с некоторым удивлением узнал, что Mad Hotaru оказывается известен (известна?) довольно широко ...
история из жизни и комментарии на фимфикшене

А насчёт военной тематики ..

— сидят два внешне-молодых пони на Краю Вселенной, смотрят с грустью в портал.
— и почему человеческие дети рисуют так много войны?
— вселенная у них такая, наверное… там 30-40 лет — УЖЕ не дети .....
— как грустно. Но неужели нельзя ничего сделать?!
— Второй пони делает жест передней ногой, зажигая экраны-звездочки вокруг них — вот всё это такие вселенные. Мы не можем им всем помочь сразу. Мы не _настолько_ магические!
— Да, жаль. Ну что ж, давай что ли хоть одному поможем, может потом придумаем, как ускорить производство.
Давай! — засиял пони рядом, и они радосто запустили в один из порталов с грустными и даже страшными мирами светящийся радугой снаряд..

— самая лучшая часть работы. Сказал первый пони. Кажется, когда-то очень давно в каком-то из миров была история про… промывку ну очень заброшенных конепоселений. Как хорошо, что такое оказалось возможным и в реальности!
— да… но всё-таки работа очень… изматывающая. Смотреть на все эти миры, подбирать параметры, погружаться во всё это… с головой. С нашим ощущением трансвременной справделивости это очень больно! Зачем мы этим занимаемся?
— Потому, что не можем иначе? точнее… не хотим иначе. Сложный вопрос. Но у нас есть почти целая вечность ...

И два пони продолжили свой разговор-бег-работу-искусство среди далёких пространств Мультивселенной…
Andrew-R
+6
Ноут, который проклятье по имени Dell Inspiron N5110 досчитывает последние 2 задания, основной комп также. Все компы будут остановлены — путь вам Mawxwell считает. Любите его дальше, я ухожу из команды.
Darkseer
+2
Присоединяйся к команде 47191.
VIM
+2
Done.
Darkseer
+1
0_о
chelovekbeznika
0
Ээээ, что-то случилось?
gelirhil
0
путь вам Mawxwell считает.

Maxwell
-3
Изменён автором
Ээээ?
Irbis
0
Не изволите ли объясниться по конкретнее? о_О
afan
+1
Систем еррор с бсодом с бредом у меня произошёл, только не с компьютерами вовсе…
Нехорошо получилось, извиняюсь. *По тихому вернулся в команду*
Darkseer
+4
Да нет проблем, я все равно нифига не понял :)
afan
0
у меня проблема — боинк постоянно требует перезагрузки и не запускается. Ставил с сервисом и без. Десятка 64
Core_of_Hate
0
А можно скриншот ошибки? Из-под администраторской учётки пробовали ставить? Ну, и лог stdoutdae.txt, который в C:\ProgramData\BOINC, тоже будет не лишним.
gelirhil
+1
Изменён автором
Можно попробовать совет с удалением файла из этого топика.
gelirhil
+1
Совет помог)
Core_of_Hate
+1
Добро пожаловать в команду. )
gelirhil
+2
Дело важное. Присоединяюсь к вычислениям через Фолдинг.)
Mister_BRONY
+1
Перескочил на Розетту, благо и там по Ковиде проекты есть. Фолдинг на бекграунде будет на лёгком режиме, вполне удобно однако.
Mister_BRONY
+1
Было бы неплохо, хотя бы в комментах этого поста, рассказывать о достижениях в борьбе с вирусом благодаря этим вычислениям, кратко только не надо вот про то что щас бы не знать английский в 2020, на неродном языке читать что то всё равно напряжно, особенно с какими то научными терминами
Core_of_Hate
0
Все эти термины и меня останавливают от перевода, которым можно было бы делиться с другими. Одну из новостей из ленты F@H я вообще адекватно прочесть не смог и только из перепечаток в русскоязычных интернет-СМИ понял, что это было частью испытаний ремдисивира.
gelirhil
+1
Боинк сообщил, что у проекта новый адрес boinc.bakerlab.org/rosetta
Core_of_Hate
+1
От Розетты сейчас что-то совсем ничего не приходит. Ждём-с.
Mister_BRONY
0
Мммммм… Вычислять протеины во имя Селестии — бесценно!
WasherLemon
0
Пожалуй, немного новостей с терафлопсовых фронтов.
Буквально только что Розетта отчиталась ретвитом Института разработки протеинов (Institute for Protein Design): https://twitter.com/UWproteindesign/status/1290703240875524097?s=20
В препринте докладывается об обнадеживающих первых результатах тестирования полностью искусственных, рассчитанных в том числе с помощью Rosetta@home, ингибиторах вируса SARS-CoV-2. В заключении авторы выражают надежду на создание вычислительных систем, способных давать ответ на эпидемии в течении считанных недель.

GPUGRID в свою очередь недавно отчитались о двух вышедших статьях (не связанных с COVID-19):

PlayMolecule CrypticScout: Predicting Protein Cryptic Sites Using Mixed-Solvent Molecular Simulations
Gerard Martinez-Rosell, Silvia Lovera, Zara A. Sands, and Gianni De Fabritiis
Journal of Chemical Information and Modeling 2020 60 (4), 2314-2324
DOI: 10.1021/acs.jcim.9b01209


Rodríguez-Espigares, I., Torrens-Fontanals, M., Tiemann, J.K.S. et al. GPCRmd uncovers the dynamics of the 3D-GPCRome. Nat Methods (2020).
DOI: 10.1038/s41592-020-0884-y

Надеюсь, куда идти с известным DOI никому объяснять не надо?
Текущие проекты GPUGRID также подходят к завершению вычислений, так что в скором ждем свои ачивки за участие в статьях.
gelirhil
+1
Изменён автором
Похоже, розетта перестала считать ковид, задания присылаются без упоминания вирусни в названии.
Core_of_Hate
+1
Давно уж.
KerHarrad
+1
Могу посоветовать присоединиться к WCG, там OpenPandemics продолжает выдавать задания и можно принудительно выбрать конкретный проект и запретить получать задания от остальных. Ну, и folding@home тоже никто не отменял.
gelirhil
+1
Изменён автором
Там какое-то видео вышло, пришло через уведомления, не знаю на сколько это актуально, но выложу сюда.
Скрин уведомления и его текст
Rosetta@home: Coronavirus update from David Baker. Thank you all for your contributions!
Here is a short video of David Baker describing some exciting results from de novo designs targeting SARS-Cov-2.

Thank you all for your contributions to this research! Although R@h was not directly used for the work described in the publication (link provided below), R@h was used for designing relevant scaffolds. Additionally, there are currently many similar designs that bind SARS-Cov-2 and related targets that were engineered using R@h.

www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg

More information is available from the publication, De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors .

21.09.2020 23:16:33 · больше...
Skeletmax
0
Команда folding@home отчиталась о рекордном времени симуляции, составившем 0,1 с. Эта работа позволила выявить пятьдесят «карманов» в молекулах вируса, что поможет разработчикам лекарства.
gelirhil
0
У Розетты появились новые пачки задач по ковиду
Mister_BRONY
0
Объявлено о начале пятого, возможно завершающего, спринта Covid Moonshot. В его рамках будет осуществляться улучшение обнаруженного ранее соединения, обладающего обнадеживающе высокой активностью в одном из «карманов» S-белка короны.
gelirhil
0
Коллектив AlphaFold сообщил о значительных успехах при создании использующего машинное обучение алгоритма фолдинга CASP14. Почитать об этом можно в соответствующей записи в блоге проекта. При испытаниях, в которых использовалось 128 TPUv3, за «несколько недель» была достигнута средняя точность 92.4 GDT на всей выборке тестовых протеинов:
gelirhil
+1
COVID Moonshot в своем твиттере отчитались об успехах в разработке лекарства-кандидата на клинические испытания, которое будет представлено к марту.
gelirhil
+1
World Community Grid объявили о начале бета-тестирования версии проекта OpenPandemics, использующей GPU производства NVIDIA, AMD и Intel под 64 битными версиями всех распространенных ОС. Сперва в работу будет выпущено по две копии 3400 блоков. Для участия в бета-тестировании необходимо сначала активировать его для одного из профилей оборудования по ссылке www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewBetaProfiles.do (по умолчанию имеется один профиль Default), а затем установить данный профиль для требуемых устройств в менеджере по ссылке www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewDevices.do (по умолчанию все устройства отнесены к профилю Default).
gelirhil
+1
Изменён автором
Covid Moonshot отчитался о достаточном значении антивирусной активности и низкой токсичности своего кандидата в лекарства. Остаются проблемы с метаболической стабильностью, но исследователи уже рассматривают возможные пути решения. Новым сроком начала клинических испытаний назван июль.
gelirhil
+2
Оооо, я думал брони ужа давно в теме, ну я с вами тогда) когда нибудь и моей лаборатории помогут XD
Makc-Makc
0
Кстати, очень даже удобная и щадящая штука, у меня Intel Core I3 3.50 Ghz и 4 гигабайта оперативы, но при этом если поднастроить все акуратно, то может сразу над несколькими вычислениями работать и при этом компьютером все еще можно пользоваться. думал процессор будет перманентно на 100% загружен но нет, а так даже игры работают норм, да лекции слушать можно с удвоеной пользой
Makc-Makc
0
Изменён автором
Rosetta@home в своем твиттере отчиталась о создании и фазе 1/2 испытаний новой вакцины от COVID-19, которая, по задумке, в силу особенностей своего строения должна вызывать более выраженный иммунный ответ организма. Также продолжается работа над минипротеиновыми ингибиторами, которые смогли предотвратить заражение вирусом человеческих клеток и животных. Продолжается работа по совершенствованию ингибиторов в части приспособления под все варианты вируса.
gelirhil
+2
COVID Moonshot получил $10 млн финансирования на проведение предклинических испытаний кандидатов в лекарство. Испытания должны начаться в конце 2021 года.
gelirhil
+2
— Скачал программу Folding@home, ни где не регистрировался, в самой программе поменял только своё имя, цветовую палитру, и направление на КОВИД-19 переставил. Объясните пожалуйста что куда нажимать, чтобы в команду вступить и вообще всё заработало как надо. Я вообще ничего не понимаю.

Спойлер
Changel
+1
Изменён автором
Номер команды 268692 на вкладке Identity настроек конфигурации.
Спойлер
gelirhil
+3
Изменён автором
Только зарегистрированные и авторизованные пользователи могут оставлять комментарии.
Скрыто Показать